实验室以教育部“高等学校重点实验室建设与管理暂行办法”为指导，结合本实验室的学科特点，制定了“联合、开放、流动、竞争”的运行机制。以教育部与五大能源企业共建中国石油大学为契机，与国内多家高校、科研院所及油田企业进行了互利合作，联合申报并承担了多个国家科技重大专项课题、973计划课题、863计划课题及国家自然科学基金等项目。
实验室与国外多所大学进行了科研合作，实现了资源、信息共享和优势互补、学科交叉。实验室实行固定人员岗位开放，淘汰了部分不能胜任岗位职责的研究人员，调整了部分研究方向固定人员的结构，吸纳了新的有生研究力量。
实验室各研究方向根据研究工作的需要，在学校有关政策的支持下，招聘了少量科研流动人员，加强了研究队伍的力量，其费用由相关科研团队从承担的课题经费支出。实验室实行设备开放，部分方向以重大项目为依托设立了开放课题，资助了石油工程领域的一些应用基础问题研究。
实验室根据各个分室的特点分别建立了仪器设备安全操作规程，并根据教育部的要求更新了网站建设，根据上级主管部门要求上报统计结果。实验室的科研设施、仪器设备和图书资料齐全，对外开放。实验室学术氛围良好，学术风气严谨，无违反学术道德事件的发生。